La iglesia de San Pedro fue iniciada su construcción en la segunda mitad del siglo XIV y terminada en el siglo XV. A lo largo de su historia ha sido objeto de importantes reformas y algunos añadidos en un edificio emblemático de planta basilical de tres naves donde predomina el estilo gótico. La cabecera consta de un único ábside poligonal de siete lados, al que se le añadió posteriormente dos capillas laterales, la de Jesús el Nazareno por el lado del Evangelio y la de los Veras por el lado de la Epístola.
El presbiterio o altar mayor, a semejanza con el conjunto del edificio, también ha sufrido diversas reformas con el transcurrir de los años. En 1473, fue reconstruido a expensas de los cónyuges Fernando de Torres, corregidor de la ciudad, y de su mujer, Juana de Pereda. Gracias a la generosidad de estos señores también se construyó un retablo de estilo renacentista situado en la parte final del presbiterio, que tenía como elemento central una estatua de San Pedro junto a un sillón dorado que representaba la Cátedra como príncipe de los apostolados y titular de esta iglesia. El altar mayor se encontraba elevado por medio de una escalera de ladrillo, que fue sustituida, casi tres siglos después, en 1762, por una de piedra.
En 1827 se realizó una nueva reforma y se eliminó del presbiterio el retablo existente de estilo renacentista y se colocó, en su lugar, una pintura de gran tamaño que representaba la cura milagrosa del paralítico por San Pedro, pintado por Luis López. Años después, este cuadro fue retirado del presbiterio y colgado en un muro a los pies de la iglesia, y en el altar mayor se construyó un retablo de escayola realizado en el año 1863 por el arquitecto local Silvestre López Donaire, que se puede observar en la fotografía antigua. Este nuevo retablo, de estilo neoclásico, tenía un escaso interés artístico, simulando en su apariencia estar construido con mármoles de diversa tipología, cuando en realidad su construcción era de escayola.
Un altar mayor entre reformas - Foto: Tomás Fernández de MoyaEl retablo de López Donaire estuvo situado en el altar mayor hasta la reforma del templo emprendida en 1974, donde entre otras muchas acciones se desarmó y retiró el retablo, quedando a la vista los muros originales de piedra caliza, con sus cinco portaluces góticos situados en los cinco vanos centrales, adquiriendo el aspecto que se puede observar en el templo hoy en día.
Actualmente, en el altar mayor se encuentra la imagen del Cristo del Perdón y de las Aguas, obra del escultor Marco Pérez (1943) perteneciente a la Hermandad que lleva su mismo nombre y que es heredera de la primitiva Cofradía del Santo Crucifijo de San Pedro, fundada en marzo de 1599. Sobre un pedestal de piedra, y a ambos lados de Cristo crucificado, se encuentran las imágenes del Sagrado Corazón de María y de San Pedro apóstol.
En el altar mayor destaca, en la parte del evangelio, la pila bautismal datada a finales del siglo XV y realizada en piedra caliza, de pie cilíndrico acanalado. Su vaso es semiesférico, y su interior está dividido en dos espacios. Está exteriormente decorada por arquería de medio punto con terminaciones trilobuladas sobre gallones, unas nervaduras y adornos que se asemejan a los gajos de una naranja.