Ciudad Real, desde su fundación, estuvo dividida en tres barrios:cristiano, morisco y judío. Siglos más tarde, con su desaparición, la organización espacial se basó en tres parroquias, la de Santa María, San Pedro y Santiago. Estas jurisdicciones tuvieron efectos administrativos y eclesiales. Desde el punto de vista religioso, la ciudad mantuvo más de cinco siglos la estructura de las tres parroquias citadas. En la segunda mitad del siglo XX, el obispo Prior de las Órdenes Militares, Juan Hervás y Benet, decidió crear una nueva parroquia cuando Ciudad Real empezó a experimentar un importante crecimiento de su población. Hasta entonces, la ronda de circulación marcaba el cierre de la ciudad y comenzaba el campo. Pocas eran las construcciones que existían pasada la ronda. 
Con el cambio demográfico, la ciudad fue creciendo y expansionándose, lo que dio lugar a la creación de nuevas barriadas, tanto fuera como dentro de rondas. Fruto de este impulso fue la fundación de la Cooperativa de la Hermandad Ferroviaria de Acción Católica, promovida y dirigida por el empleado de Renfe Rafael Rumín Cabrera. En 1962 esta cooperativa entregó la primera fase de viviendas a la que le sucederían otras dos más, llegando a construir más de 600 viviendas en la nueva barriada de Pío XII.
La expansión del casco urbano para atender las necesidades evangelizar y atender las demandas religiosas del nuevo barrio, el obispo prior se planteó la conveniencia de crear una nueva parroquia. En junio de 1960, firmó el decreto de creación de la cuarta parroquia de Ciudad Real con el título de Santo Tomás de Villanueva, nombrando al reverendo Ángel Vázquez González-Calero como párroco de esta nueva jurisdicción eclesial.
Vázquez, poco a poco, fue poniendo en funcionamiento y levantando la nueva parroquia. Ante la ausencia de templo donde celebrar los actos religiosos y de culto, se acordó utilizar el convento de las Madres Adoratrices, situado en la ronda del Parque, frente al colegio Jorge Manrique. En la actualidad, lo que fue la iglesia de las Madres Adoratrices está incorporada al complejo Guadiana I.
Desde la creación de la nueva parroquia empezaron a realizarse gestiones para la compra de un terreno en el que construir el templo. En 1966 fue nombrado Eugenio Sánchez Vega como nuevo párroco de Santo Tomás de Villanueva. Fue él quién le dio un importante y definitivo impulso a la construcción del nuevo templo en unos terrenos en la ronda del Parque que lindaban con la barriada de Ciudad Jardín.
El proyecto fue redactado por el arquitecto Ildelfonso Prieto García-Ochoa, colocándose la primera piedra el 22 de marzo de 1970, un Domingo de Ramos. La piedra procedía de Fuenllana, localidad natal de Santo Tomás de Villanueva y formaba parte de los muros de la casa donde nació el Santo. En el interior de la piedra fueron depositados el documento que certificaba dicho acto, monedas de curso legal y un ejemplar del diario Lanza de ese día.
Después de superar diversas vicisitudes, la obra fue terminada y el 8 de diciembre de 1973, festividad de la Inmaculada Concepción, se bendijo e inauguró el templo por parte del obispo prior Juan Hervás y Benet. 
Después de cinco siglos donde sólo existieron tres parroquias, se creó esta nueva extramuros de la ciudad, a la que posteriormente le seguirían otras nuevas hasta llegar a las diez con las que cuenta actualmente Ciudad Real.